波士顿建有美国最古老的公立学校系统，从幼儿园到12年级，学生人数将近6万。该系统包括145所学校，最古老的波士顿拉丁学校就是其中之一，设7-12年级，在7-9年级通过公开考试招收学生；还有成立于1821年的英文中学和成立于1639年的马特学校，等等。

波士顿还拥有私立学校、教会学校和特许学校（charter school）。3000名少数族裔学生通过大都会教育机会委员会（METCO）得到在郊区学校就学的机会。2002年，《福布斯杂志》将波士顿公立学校系统列为美国最好的大城市学校系统，毕业率达到82%。

波士顿地区是全美教育水平最高、历史最悠久也是当地居民综合素质最高的城市，全国排名总是在前十名以内，从来没有任何负面评论，而其他几个大城市比如纽约、芝加哥和旧金山等城市的相关评论却是好坏掺半。这里是全世界著名高等学府最集中的地方。美国现任总统就毕业于哈佛大学，前任的布什总统与以前的老布什总统、肯尼迪总统等均毕业于波士顿附近的Philips Academy；蒋介石夫人宋美玲及其姐妹和克林顿总统夫人希拉里都毕业于波士顿西南的韦斯利Wellesley女子学院

波士顿当地著名的高校包括：

Bay State College  海湾州立学院

Berklee College ofMusic  伯克利音乐学院

Boston ArchitecturalCenter 波士顿艺术中心学院

Boston College 波士顿学院

Boston Conservatory 波士顿音乐学院

Boston University 波士顿大学

Bunker Hill CommunityCollege 邦克海尔社区学院

Cambridge College 剑桥学院

Emerson College 爱默生学院

Emmanuel College 以马利学院

Fisher College 费雪学院

Franklin Institute ofBoston 波士顿法兰克林学院

Harvard Univ. 哈佛大学

Katherine Gibbs School凯瑟琳吉布斯学院

Lesley University 莱斯利大学

Longy School of Music 郎基音乐学院

Massachusetts Collegeof Art 麻州艺术学院

Massachusetts Collegeof Pharmacy & Health Sciences 麻州医药卫生学院

MIT (MassachusettsInstitute of Technology)麻省理工学院

New England College ofOptometry 新英格兰视力测定学院

New EnglandConservatory 新英格兰音乐学院

New England School ofLaw 新英格兰法学院

NortheasternUniversity 东北大学

Roxbury CommunityCollege 若可斯伯瑞社区学院

Saint John's Seminary 圣约翰神学院

School of The Museumof Fine Arts 精美艺术博物馆学院

Simmons College 塞蒙学院

Suffolk University 萨克福大学

Tufts University 塔夫兹大学

Urban College ofBoston 波士顿城市学院

UMass Boston 麻州大学波士顿分校

Wentworth Institute ofTechnology 温氏技术学院

Wheelock College  韦罗可学院