美军航母舰载机，可分为两种基本的组织指挥方式：一种是分波作业方式，另一种是连续作业方式。

分波作业方式，是按波次飞行周期来活动的，两个相邻飞行周期之间没有交叉重叠，中间隔着一个准备周期。

分波作业，每波出动的飞机可多达40-45架，攻击力强，可对敌方进行饱和攻击，且一个飞行周期可达数小时，能实施远程作战。参与作战行动的飞机大多是载弹量大、作战航程远、留空时间长的飞机。这种作业方式适宜于集中攻击的作战活动，如为夺取制空权的攻势防空作战、对海对岸攻击、两栖作战火力支援等。

连续作业方式的飞行周期是连续的。一个飞行周期未完，另一个飞行周期又插进来，出动飞机的飞行周期首尾交错重叠。

连续作业方式，可连续维持航母战斗群的作战行动，并将空中作战能力保持较长时间。这种方式飞行任务调整灵活，可以同时放飞不同型号的飞机执行多种作战任务。参与作战的飞机往往只需携带少量武器。主要用于需要同时执行防空、对海对岸警戒、反潜、监控、侦察等防御性作战行动上，如航渡、待机、护航、显示实力以及处理危机等。

其缺点是：相邻2个飞行周期相互制约，周期都不能太长，一般只有70-90分钟，每个飞行周期只能容纳12-16架飞机，攻击力不大，不适宜实施攻势行动。

在空袭作战中，通常采用分波作业，一般分为大波、小波及大波和小波相结合3种方式。大波每波次35架左右，波与波间隔4-5小时，每艘航母每天可出动3波次，约105架次；小波每波次15-17架，每次飞行时间为10-120分钟，每艘航母每天可出动6-7波次（最多11波次），计90-119架次；大小波结合时，每艘航母每天可出动5个波次（2个大波、3个小波）或6个波次（1个大波、5个小波），约110-120架次。

舰载机起飞时，首先起飞一架直升机在航母尾部飞行，担负支援任务，航母在白天通常使用4个弹射器，平均20-30秒起飞一架飞机，担负空袭作战任务的各型飞机，按次序依次起飞。舰载机从航母起飞后，直线飞行一段距离，然后集合、加油、进入航线。通常白天直线飞行距离为2-5海里，夜间为6-7海里。直线飞行时，舰载机与航母校正敌友识别仪，若舰载机的敌友识别仪工作不正常，则不得前往集合和执行任务。

攻击机和战斗机编成小队或分队活动时，通常在返航离开陆地后进行空中加油；多机种编队执行任务时，通常在以航母为中心、半径10-15海里空域集合、加油和编队。

航母上空高度的分配为：最高一层4500米，为执行该次任务的飞机全体集合和编队的高度，以下每隔600米一层，为中队、分队集合的高度。

加油机通常提前在航母上空指定的高度上以10°－15°的坡度盘旋，等待执行任务。各分队飞机在分队集合高度集合后加油，再上升到全体集合高度指定的位置。

升空后的飞机根据空袭作战任务编成若干编队，通常编为突击、佯动、压制防空兵器、电子对抗、引导指挥、侦察和掩护等7 个战斗编队。其中，装备有TARPS侦察装置（机载战术侦察舱系统）的E-2C、EA-6B、F-14或F/A-18组成侦察编队，携带有空空导弹的F-14和携带有反辐射导弹的F/A-18组成突破和压制敌防空体系编队，携带有巡航导弹和各型炸弹的F/A-18组成突击编队。

合成大机群从首机起飞至完成编队的时间一般需25-35分钟。合成机群离开集合编队区进入航线时，脱离航母塔台的指挥，并由领队长机向航母申请批准转入攻击网。经批准后，机群内其他飞机随领队长机一同加入攻击网，尔后由领队长机以攻击网向提前到达战区的E-2C报到，由E-2C向领队长机指示入陆检查点的航向和距离，至此，E-2C 预警机将取代攻击波指挥员对整个作战行动进行指挥控制。

为了防止敌机混人己方机群，在打击目标区外海设置雷达有效识别咨询区，并配置咨询控制舰（一般由巡洋舰担任），对进入该区的所有飞机进行识别。执行空袭作战任务的飞机进入咨询区时，向控制舰报告本机呼号、任务代号、距控制舰的方位、距离，领队长机报告所属所有飞机情况，提供飞机编号与机号，离开咨询区时作离开报告。

空袭作战飞机在敌防空能力较弱的情况下，通常在海上沿直线飞行，直接飞往入陆检查点，入陆检查点通常选择沿海不设防的明显目标。多机群逐次对同一目标进行突袭时，各机群选择不同的入陆检查点，使对方不易摸清规律。其飞行高度主要取决于对方对空雷达性能及气象条件等因素，通常在3000-4500米之间。

空中护航任务主要由F-14和F/A-18担任，护航机与攻击机的比例由敌防空能力及护航兵力决定，一般为1∶1，最高为2∶1，最低为1∶2。护航方式分为直接护航和间接护航两种，一般以间接护航为主，当被护航飞机遂行重要任务或敌战斗机对被护航部队全航线上都有较大威胁时，则进行直接护航。