1/对你将来买房有影响.

根据国家有关政策，同一年内卖出买进自住房的可以抵扣契税，你卖这个房子,中介这样做,

a.你可以少交税款,这属于偷税漏税.你损失不仅仅是个人的信誉.同时,你再买房时,要交契税,由于你在卖房时少交了契税,就不能用你卖房交的税来抵扣买房交的税.

b.买方如果按照56万买,他如果要卖要交增值税

c.国家损失了税收

2/你父亲签的协议,由于这样操作偷税漏税,损害国家利益,根据<合同法>第52条,属于无效的协议.无效的合同自始没有法律约束力.所以,这份补充协议可以作废.

法律依据:《中华人民共和国合同法》第五十二条 有下列情形之一的，合同无效：

（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；（三）以合法形式掩盖非法目的；（四）损害社会公共利益；（五）违反法律、行政法规的强制性规定。第五十六条 无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。