这套制度的弊端包括这么几点：当一权独大的时候，其它两个权力都会被挤压的很厉害，从而打破三权分立的平衡。这么牛逼哄哄的总统美国历史上有好几个，包括两个罗斯福，还有老山核桃——杰克逊，举例如富兰克林·罗斯福上任时期，因为经济颓势的原因，趁机通过了很多带有着强烈“社会主义”色彩的政策，严格的说这些政策都是违宪的，但是却过了好几年最高法院才敢判其违宪。对于最高法院的这一反弹，罗斯福的办法是通过增加最高法院人数来“控制”最高法院——他在第二个任期一共任命了8个最高法官，而美国现在的最高法官人数才9人。至于国会，虽然有民主党内的保守派联盟作梗，但是民主党牢牢控制着参众两院，罗斯福能通过影响议员竞选等方法通过他想通过的法案。而国会对于总统的支持尤其是在二战期间达到了最高峰，这种国会对于总统的有时近乎无条件的支持一直延续到了尼克松水门事件的爆发。
而在国会牛逼哄哄的时候，总统也成了被削权的对象，比如约翰逊，格兰特还有海斯当总统的时候，过的那叫一个悲剧……
其次的弊端就是大家讲到的效率，不过个人认为所谓拖延只是一种三权分立时斗争武器的一种，很多时候大家都有很多办法搞定这个武器或者使用别的武器……比如总统对国会法案拒绝签字，再比如总统要通过一个不怎么受欢迎的议案时候就会选在国会快闭会的时候，再再比如总统会把一个明明应该由立法规定的事情通过行政的手段来完成。
还有一些事情，比如院宫不合，国会就会通过削减预算的方式来“整”总统。比如克林顿事情有次圣诞节白宫没钱点灯……还是克林顿自己掏腰包……
但这些都是当初制度设计的时候都考虑到的，套用中国话来说都是体质内斗争，可以使用体制内手段来解决，而并不会影响制度运转的本身。
多说一些。虽然美国宪法两百多年来正文几乎不曾动过，只是多了数十条修正案，但是由于多个最高院判例的诞生，以及各种宪法之外的“非成文宪法习惯”的出现，美国的三权分立也早已经不是1789年那些美国建国者所设想的三权分立的样子了。